99% tổng lượng nước lấy vào của Tập đoàn đến từ các Nhà máy lọc dầu/Tổ hợp, nơi sử dụng lượng nước lớn. Các cơ sở này không chỉ tuân thủ các tiêu chuẩn về nước thải mà còn nỗ lực giảm tiêu thụ nước. Trong quá trình lọc dầu, các nhà máy lọc dầu cần một lượng nước đáng kể, bao gồm cả nước biển và nước ngọt, để làm mát các chất lỏng trong quá trình. Nước ngọt, sau khi trở nên ấm trong quá trình làm mát, được tuần hoàn qua bộ làm mát bằng không khí để làm mát và tái sử dụng, giảm gánh nặng cho môi trường. Khoảng 94% lượng nước lấy vào bởi các Nhà máy lọc dầu/Tổ hợp là nước biển, với 6% còn lại là nước công nghiệp, dẫn đến tỷ lệ tái chế nước công nghiệp trong năm tài chính 2023 đạt 94%.

Nhà máy xử lý nước thải (ETP) của NSRP, được thiết kế với hai dây chuyền xử lý song song, mỗi dây chuyền có công suất 235 m3/giờ, quản lý nước thải từ các đơn vị quy trình và sinh hoạt. Quá trình xử lý bao gồm nhiều giai đoạn như tách dầu, xử lý sinh học, và xử lý hóa lý, tất cả đều được vận hành tự động hoặc bán tự động. ETP cũng xử lý chất kiềm đã qua sử dụng và khí thải, và theo dõi nước thải đã xử lý qua hệ thống trực tuyến. Ngoài ra, NSRP còn hợp tác với trung tâm giám sát được ủy quyền để kiểm tra định kỳ chất lượng nước thải đã xử lý, đảm bảo tuân thủ các tiêu chuẩn QCVN 40:2011/BTNMT. Tập đoàn cam kết tiếp tục tái chế nguồn nước trong khi duy trì tuân thủ môi trường.